Bivši predsjednik Republike Srpske je tokom pretpretresnog postupka pokušao da ospori jurisdikciju Tribunala da mu sudi, pozivajući se na sporazum koji je navodno bio sklopio s Holbrukom, ali sud je taj zahtjev odbacio uz obrazloženje da takav sporazum, čak i da je zaista sklopljen, nije obavezujući za Tribunal.
Karadžić je potom prošle godine zatražio da, u slučaju da bude proglašen krivim, prilikom izricanja presude sudsko vijeće uzme u obzir kao olakšavajuću okolnost taj sporazum, kao i dobro ponašanje optuženog tokom boravka u pritvoru.